Наибольший объём данных относится к эндоскопическим методикам, несмотря на то, что (как ранее отмечалось) интенсивное распространение данного направления привело к недостатку достаточно обширных рандомизированных контролируемых исследований.

К примеру, пилотное исследование эффективности неодимо-иттриевого лазера в укорочении сегмента Барретта в сравнении с ИПП включало только 8 пациентов. Его пилотный характер сильно ограничил возможные выводы. Лечение неодимо-иттриевым лазером также изучалось в нерандомизированном описательном исследовании (Норберто 2004), где отмечено 40%-ная полная регрессия кишечной метаплазии. Однако, лишь на основе этих исследований истинная эффективность неодимо-иттриевого лазера в лечении синдрома Барретта остаётся неясной.

Три рандомизированных исследования проводили сравнение различных методик аблации, как самостоятельно, так и после антирефлюксной хирургии. Аргон-плазменная коагуляция оказалась более эффективной, чем ИПП, в достижении и поддержании аблации участков кишечной метаплазии, но обнаружение «погребённых» желез под плоскоклеточным эпителием оставляет серъёзные сомнения. После аргон-плазменной коагуляции участков кишечной метаплазии ремиссия сохранялась у 40% пациентов в течение 1-5 лет. Аргон-плазменная коагуляция и электрокоагуляция продемонстрировали равную эффективность при уменьшении длины и площади сегмента Барретта (Дюлей 2005) и при полной эрадикации синдрома Барретта (Дюлей 2005, Шарма 2006). Многопольная электрокоагуляция после 6 сеансов применения в исследовании Сэмплайнера (2001) дала полную аблацию в 85% макроскопически и  78% гистологически.

Сложно делать выводы относительно эффективности фотодинамической терапии в сравнении с аргон-плазменной терапии, так как эффективность фотодинамической терапии в лечении синдрома Барретта определяется видом фотосенсибилизатора и режимом облучения. В различных исследованиях, даже в одном и том же, фотодинамическая терапия может быть более, менее эффективна или равна аргон-плазменной коагуляции. Это также истинно относительно «погребённых» желез. В целом, аргон-плазменная коагуляция аналогична, или даже более эффективна, чем фотодинамическая терапия, в зависимости от режимов использования и степени дисплазии; однако из-за наличия данных о «погребённых» железах относительные преимущества аргон-плазменной коагуляции нивелируются.

В двух исследованиях (Экройд 2000; Оверхолт 2005, уточнено 2007) проводилось сравнение ИПП с фотодинамической терапией. Несмотря на то, что в этих исследованиях использовались разные фотосенсибилизаторы и различные режимы освещения, оба продемонстрировали значительное превосходство фотодинамической терапии над ИПП при аблации сегмента Барретта. Однако, следует отметить, что в исследовании Экройда не учитывалось наличие/отсутствие диспластических изменений при использовании 5-ALA. Оверхолт отмечает, что при фотодинамической терапии порфирином натрия как с использованием диффузного, так и локального освещения отдельных участков, частота дисплазии высокой степени и риск аденокарциномы статистически значимо была ниже по сравнению с ИПП. Это стало первым рандомизированным исследованием, продемонстрировавшим снижение риска аденокарциномы при синдроме Барретта вследствие малоинвазивных вмешательств. При динамическом наблюдении этих пациентов было подтверждено, что комбинация фотодинамической терапии порфирином натрия с ИПП остаётся более эффективной в уничтожении дисплазии высокой степени и предупреждении малигнизации по сравнению с изолированной лекарственной терапией. Однако, стоит отметить и низкий (28%) уровень малигнизации дисплазии высокой степени при использовании ИПП. Необходимо иметь данные по более продолжительному динамическому наблюдению за такими пациентами для корректной оценки защитного эффекта фотодинамической терапии. Рандомизированное контролируемое исследование (Маккензи 2008) выявило различия в эффективности и безопасности между использованием 5-ALAи порфирина натрия при фотодинамической терапии, несмотря на недостаточную статистическую значимость. В целом, 5-ALAлучше переностится и реже даёт осложнения (например, стриктуры), чем порфирин натрия, и несколько лучше воздействует на диспластические ткани.

Сроки применения малоинвазивных или хирургических вмешательств у пациентов с тяжёлой дисплазией остаются неясными. Ретроспективное исследование Романьоли (2003) дало предположить, что ранняя операция у таких пациентов безопаснее. В этом исследовании описывается 2 группы пациентов тяжёлой дисплазией при  синдроме Барретта: те, кому эзофагэктомия проводилась сразу после установки диагноза, и те, кому операция проводилась после динамического наблюдения (до 70 месяцев), без рандомизации. В группе немедленной операции степень инвазивности процесса и увеличения лимфоузлов, а также выживаемость были явно лучше (выживаемость группы немедленной операции за 168 месяцев 100%, при отсроченной операции — 52%).

Радиочастотная аблация при исследованиях на животных и во 2-й фазе клинических испытаний демонстрирует возможность воздействия на слизистую пищевода без вовлечения подслизистого слоя (Ганц 2004). В исследовании Шахин (2008) радиочастотная аблация эффективно разрушала очаги кишечной метаплазии и дисплазии без значительных побочных эффектов. С тех пор большинство публикаций имели характер абтрактов или пилотных исследований. В 2-х крупнейших исследованиях 70 (Флейшер 2008) и 44 (По 2008) пациентов радиочастотная аблация привела к ремиссии в течение 21-22 месяцев у 98%. В исследовании По включались только пациенты с тяжёлой дисплазией, и у 98% она была ликвидирована без рецидива в течение 21 месяца. В этих исследованиях отмечено 16 и 22% лёгких осложнений соответственно, чаще всего небольшие кровотечения и тошнота. Отмечен только 1 случай перфорации. Стриктуры в этих исследованиях не наблюдались, а «погребённые» железы выявлены только в 0,01% биопсий. Однако, необходимо более длительное наблюдение для подтверждения стойкости эффекта.

Проводилось изучение большого числа иных эндоскопических методик, но не в контексте лечения синдрома Барретта и не в формате рандомизированных контролируемых исследований. Они включают криотерапию, впервые описанную на животных, а также в пилотном проспективном исследовании на 11 пациентах (частичное разрушение кишечной метаплазии в 100%, гистологически подтверждённое полное разрушение у 78%). Методика заключается в распылении под низким давлением охлаждающего агента, осложнений при этом не отмечалось. В течение 6 месяцев рецидивов синдрома Барретта не отмечалось. Также применялась эндоскопическая резекция слизистой с очагами метаплазии. Она использовалась при явных видимых дефектах, и привела к ремиссии у 97% пациентов с низким риском (очаги менее 2,0 см, выступающий или плоский тип макроскопически и тяжёлая дисплазия или высоко/умеренно дифференцированная аденокарцинома гистологически) и у 59% привысоком риске ( очаги более 2,0 см, изъязвление макроскопически и низкодифференцированная аденокарцинома гистологически). Она также показала себя полезной диагностической методикой, дающей более крупные и сохранные образцы тканей, облегчая гистологическое исследование. Рандомизированные контролируемые исследования, сравнивающие данную методику с иными лечебными воздействиями при синдроме Барретта пока не проводились. Несмотря на то, что эндоскопическая резекция слизистой всё чаще используется в сочетании с эндоскопическими аблационными технологиями при воздействии на общирный сегмент, ни в одном из исследований, рассмотренных в этом обзоре, такое сочетание не применялось.